Постановление об открытии в Омске Омского государственного университета принял Совет Министров СССР 28 апреля 1973 г. Инициатором создания университета был директор Омского нефтезавода Виктор Андреевич Рябов, который полагал, что для дальнейшего развития производства нужны не только специалисты-нефтехимики, но и юристы, математики, физики, экономисты.

Кроме того, университет должен был стать мозговым центром региона. Его поддержал первый секретарь Омского обкома КПСС Сергей Иосифович Манякин.

Создание университета стало для Омской области прорывом – в том числе кадровым.

Первым ректором ОмГУ стал выходец из Иркутска – Василий Васильевич Пластинин, который приехал в Омск по приглашению Омского обкома КПСС. Одной из задач для Василия Васильевича стало формирование педагогического состава нового университета. Он пригласил на работу в молодой вуз кандидатов наук и вчерашних аспирантов из крупнейших университетских центров страны: Новосибирска, Томска, Иркутска, Тюмени и др.

В одном из своих интервью В.В. Пластинин так определил задачи университета:

«Основная цель университета, как мне кажется, заключалась в том, чтобы получить как можно больше людей в регионе, которые обладали бы университетским мышлением. Не только узкоспециальными знаниями, а широким мышлением и, следовательно, способствовали бы развитию нашей области. И мы старались приглашать преподавателей, которые имеют университетский стаж, чтобы поддержать этот уровень».

В 1974 году происходило и формирование структуры управления, и материально-технической базы. По инициативе того же В.А. Рябова Министерство нефтеперерабатывающей и нефтехимической промышленности СССР передало университету недавно построенный учебно-лабораторный корпус нефтехимического техникума со всем имеющимся в нем оборудованием (сейчас – 1 корпус ОмГУ, пр. Мира 55А).

В университете было создано два факультета – естественный и гуманитарный. 24 июня 1974 года начался прием документов от абитуриентов на 6 специальностей: физика, математика, химия, история, русский язык и литература, правоведение.

Первый звонок для первых 327 студентов университета прозвучал 2 сентября 1974, однако занятия начались только в октябре – после того как помещения учебного корпуса были подготовлены к учебному процессу, а студенты вернулись с сельхозработ.

Уже в 1976 году на базе гуманитарного факультета были созданы историко-филологический и экономико-правовой факультеты, а в 1977-1978 годах появились физический, математический, химический, филологический, юридический и экономический факультеты.

В 1990-е годы университет вместе со всей страной переживал сложный период – перебои с финансированием, низкие заработные платы на фоне инфляции, падение престижа высшего образования.

С другой стороны, в это время университеты получают большую свободу в выборе научной проблематики и в определении содержания учебного процесса. Как и другие вузы в стране, ОмГУ в этот период находится в поиске, пытается адаптироваться к новым политическим и социальным реалиям. Преодолеть трудности переходного периода конца 1980-х – начала 1990-х годов университет смог во многом благодаря личности его руководителя – Валерия Викторовича Тихомирова – первого ректора, избранного коллективом. Он являл собой тип руководителя эпохи демократических перемен – энергичный, деятельный, целеустремленный, поддерживающий начинания своих коллег.

Экономическая ситуация и рынок труда требовали новых специалистов, и, соответственно, новых подходов к их подготовке.

Инициативу открытия новых специальностей и направлений на этом этапе проявили представители профессорско-преподавательского состава университета.
В 1993 году на экономическом факультете было открыто отделение психологии и коммерции. 
В 1994 году в ОмГУ открылось первое в России отделение теологии (на историческом факультете).

Стремительный рост новых специальностей привел к открытию новых кафедр и факультетов: международного бизнеса, психологии, иностранных языков, культуры и искусств. Факультет культуры и искусств был создан на базе филиала Алтайского института культуры. На тот момент ОмГУ стал единственным университетом, имеющим в составе подобный факультет. Новые факультеты открывались и в начале нового тысячелетия: в 2000 году – факультет теологии и мировых культур, в 2003 году – факультет компьютерных наук, в 2016 году – факультет физической культуры, реабилитации и спорта.
На рубеже 2000-х годов ОмГУ, как и другие университеты страны, столкнулся с новым вызовом: происходит массовое превращение специальных вузов в университеты. Некогда единственный в Омске университет столкнулся с риском потери идентичности. Возникла необходимость и потребность подчеркнуть академизм и фундаментальность университетского «классического» образования. В 2004 году по инициативе ректора Геннадия Ивановича Геринга университету было присвоено имя великого русского писателя Фёдора Михайловича Достоевского.

В 2006 году началось строительство нового корпуса университета в историческом центра Омска.

Г.И. Геринг о присвоении имени Ф.М. Достоевского университету:

«Я глубоко убежден, что смена названия имела и будет иметь далеко идущие последствия. Имя Достоевского – это очень сильный бренд. Достоевский очень узнаваем, университет стали выделять. Но мы еще не в полной мере воспользовались той возможностью, которую дает нам это имя. Нам надо, конечно, очень много работать, чтобы поддержать такой бренд».

На рубеже 2010-2020-х годов темпы роста университета замедлились.

С 2009 года наблюдается постепенное сокращение количества обучающихся (с 10 293 в 2010 году до 7 320 в 2020 году). При этом растет количество образовательных программ (73 – в 2010 году, 87 – 2020 году). Появляются малокомплектные группы с численностью менее 10 человек, что значительно увеличивает расходы университета на обеспечение образования.

Сохраняется разветвленная структура административных и обслуживающих подразделений, факультетов и кафедр (на начало 2020 года – 1 институт, 13 факультетов). Сокращается количество преподавателей до 39 лет, их доля сократилась с 37,7% в 2012 году до 19,7% в 2020 году.

Со второй половины 2010-х годов университет столкнулся с дефицитом бюджета и задолженностями по выплатам. В 2019-2020 году начались задержки выплат заработной платы сотрудникам.

Было очевидно, что возникшие системные проблемы невозможно решить без консолидации ресурсов, пересмотра образовательных программ и внедрение в учебный процесс новых форматов обучения. Именно по этому болезненному, но необходимому пути прошли ведущие российские университеты десятью годами ранее.

В 2022-2023 годах в университете проведена программа преобразований. В результате проведенных мероприятий на 15% был сокращен административный персонал, до 27,5% увеличена доля молодых преподавателей (по сравнению с 2021 годом), возросла средняя заработная плата преподавателей (на июнь 2024 года она составила – 115,9 тыс. руб.).

Изменилось и позиционирование университета.
В 2022 году была утверждена новая символика ОмГУ – логотип, брендбук, зарегистрирован товарный знак.

Важным результатом изменений в вузе стало открытие главного корпуса ОмГУ, строительство которого продолжалось 18 лет.

Новый корпус, расположенный в историческом центре Омска, в сентябре 2024 года откроет двери для студентов юридического факультета.             

На открытии Главного корпуса ректор ОмГУ Сергей Владимирович Замятин отметил:

«Новый корпус, который открывается сегодня, не просто здание. Это плод совместных усилий неравнодушных к университету людей. Важно, чтобы каждый из нас продолжал вносить свой вклад в развитие ОмГУ. Мы должны сохранять дух единства и взаимопомощи, который помог нам достичь таких результатов. Каждый шаг вперед — это результат общих усилий. Давайте строить будущее нашего университета вместе, с гордостью и надеждой на новые достижения».